Sárospatak első temploma az Árpád-házi királyok idejéből való. 1038-ban halt meg Szent István, 1047-ben Patak már királyi szállásbirtok volt, erdőispánság központja. I. Endre királyunk a királyi szálláshely közelében kis kör alakú kápolnát (rotundát) építtetett a királyi család és az udvartartás részére. Alapjai a templom alatt láthatóak. Egy méter vastag fal vette körül, kb. 7 méter volt a belső átmérője. Hamar kicsinek bizonyult, már a következő században jóval nagyobb román stílusú templomot építettek, ennek alapjai a későbbi átépítések során eltűntek. A kis királyi kápolnából a temető osszáriuma (csontháza) lett. Ez a mai háromhajós, gótikus csarnoktemplom 1492-re készült el. Története szorosan összefügg a vár történetével, mert a vár gazdái a templom kegyurai is voltak, és szinte mindegyik alakított, bővített, módosított rajta valamit.

Mikor a templom elkészült, a vár gazdái a Pálócziak voltak. A család férfitagjai a török elleni harcokban elestek, a vár és így a templom is a Perényiek birtokába került, az ő idejük alatt volt a mohácsi vész (1526). Ezután vették körül az ország várait hatalmas védőfalakkal, hogy mire a török seregek megérkeznek az ostromra, védeni tudják a várat a támadókkal szemben. A pataki várat is megerősítették védőfallal, amely a Bodrogtól indulva a várat körülvéve a másik oldalon szintén a Bodrogig húzódott. A templom északi fala is szakasza lett ennek a falnak, ekkor vastagították meg, ágyúkilövőket, lőréseket vágtak bele. A pataki várban a törökkel nem háborúztak.

A XVI. század második felében évtizedeken át hol katolikus, hol pedig református istentiszteleteket tartottak benne. A reformáció Németországból terjedt el, de eleinte templomaik még nem voltak. Nálunk az volt a törvény: „Akié a föld, azé a vallás.” Amilyen vallású volt a földesúr, a jobbágyok is azt a vallást követték. Ha reformátusok voltak a vár gazdái, református istentiszteleteket tartottak a templomban. Ennek az állapotnak II. Rákóczi György felesége, Báthory Zsófia vetett véget: végleg visszaadta a templomot a katolikusoknak. Később megépült a szép nagy református templom, amelynek néhány éve ünnepeltük 200 éves fennállását.

Nagy változás történt a templomban a Wesselényi-féle összeesküvés után. Ennek okmányát a vár Sub Rosa – termében írták alá. Ez azonban a császár tudomására jutott, aki az összeesküvőket halállal büntette. Kivétel volt I. Rákóczi Ferenc, akinek az életét édesanyja, Báthory Zsófia mentette meg súlyos anyagi áldozatok árán. A pataki várat zsoldos hadsereg szállta meg. Fővezérük, Stahrenberg kapitány az összes várkaput befalaztatta, és a templom északi és déli falán két nagy boltíves kaput vágatott. Tizenkét évig – míg Thököly fel nem szabadította Patak várát – csak ezen az úton lehetett a várba bejutni. A templom első részét is birtokukba vették, az hol kaszárnya, hol lőporraktár, hol pedig istálló volt. Később kisebb-nagyobb tűzesetek károsították a templomot; vallási villongások ütötték fel fejüket.

Mindezek miatt szükségessé vált a járószint feltöltése. Amin most járunk, az az eredeti XV. századi járószint. A templom felújítása és restaurálása 1964-től 1970-ig tartott. Mindenhol az eredeti formák visszaállítására törekedtek. Kibontották az északi fal ablakait, de 1964-ben már az eredeti lőrések és az átjáró kapuk is be voltak falazva; a szintmagasság pedig a mostaninál másfél méterrel magasabb volt. Nagyon sok földet ástak ki, ennek felhasználása helyben megtörtént. Az egész templom alatt egy kriptarendszer húzódott: egy hosszú folyosó, két oldalán 22 kripta közel 200 koporsóval.

A vár gazdái (a Pálócziak, Perényiek, Dobók, Lórántffyak, Rákócziak), az udvartartás vezető emberei, főtisztek, papok, szerzetesek temetkeztek ide. Régen a koporsókba sok érték került, mert a nőket ékszereikkel, a férfiakat fegyvereikkel temették el, és a sírokba helyezett gyűrűk, keresztek, kelyhek, díszfegyverek értékesek voltak. A zsoldosok lehatoltak a kriptákba, és vandál munkát végeztek. Kifosztották a koporsókat, szétszórták a csontokat, összetörték a sírköveket, lefaragták a címereket, feliratokat. Amikor az ásatások során a feltáró régészek lehatoltak a kriptákba, szuvasodó csontokkal, törmelékekkel teli, vízbetöréses üregeket találtak. Az Országos Műemlékvédelmi Felügyelőség úgy döntött, hogy ezt már nem érdemes több millió forintért felújítani, hanem azzal a földdel, amit kitermeltek, az egész kriptarendszert feltöltötték, még a lejáratokat is körülbetonozták. Ma már csak a vaskarikákkal ellátott betonlapok jelzik, hol voltak a lejáratok.

1737-ben hatalmas tűzvész pusztított a városban és a várban. Égett az egész belváros és a várnegyed. A templom is tüzet fogott; beszakadt a mainál három méterrel magasabb gótikus boltozat, és kiégett a templom szép gótikus berendezése is. Ezek után a templom 50 évig romos állapotban, használaton kívül állt.

1787-ben kezdődött meg az alaposabb felújítás; ekkor készült el a ma is látható barokk dongaboltozat, és került helyére a templom barokk berendezése is. Az új boltozat statikája szétnyomta az oszlopsort, ezért az oszlopoknak 15-18 cm-es dőlésük van kifelé. A főoltár teljesen fából készült, majdnem teljesen tökéletes márványutánzattal. Az aranyozáshoz 4,5 kg aranyfüst-lemezt használtak föl. Az oltárt a budavári karmeliták készítették saját templomuk számára. (Az ő kolostoruk helyében ma sajnos egy várszínház működik.) Akkor került ide, amikor II. József feloszlatta rendjüket, és értékeiket elárvereztette. Az oltárkép a Szeplőtelen Fogantatást ábrázolja, amely Maulbertschnek, Mária Terézia udvari festőjének alkotása. A két mellékoltár szintén barokk fafaragás. Mindkettő a helyi trinitárius kolostorból került ide a rend feloszlatása után. A főoltár melletti a lorettói Fekete Madonnát, a kápolnában lévő pedig Szent Annát ábrázolja ölében a kis Szűz Máriával.

Az orgona a XVIII. század végén épült; 2 manuálos és 16 regiszteres barokk orgona, 1000 sípja van. Egy ideig az ország legszebb hangú hangszereként tartották számon, bár hangja most is csodálatos élményt képes nyújtani a hallgatóknak. A templom jó akusztikájának köszönhetően nyaranta koncerteket is rendeznek itt. Az északi fal bemélyedésében – a befalazott Stahrenberg-kapu helyén – egy 4 méter magas hársfa dombormű látható. A helyi fafaragó népművész, Mezei Tamás faragta ki a karácsony titkát. A mű 1975 karácsonyára készült el. Fent Bethlen, a három királyok; középen betlehemesek; lent egy magyar család, a háttérben zempléni falvak, fenyvesek láthatók. Az északi falon a kriptákból felkerült sírköveket és maradványokat állították ki. Az első ép sírkő – keletről nyugat felé haladva – Dobó Katalin fiának, Sebesi Ferencnek készült 1565-ben. (Ő 23 évesen esett el Szerencs török ostromában mint a vár kapitánya.) A kettős vörös márvány sírkő 1613-ból való. Az egri hős fia, Dobó Ferenc és felesége, Kerecsényi Judit nyugodott alatta. A legutolsó, vaskarikás sírkő Lórántffy Zsuzsanna egyik rendkívül művelt udvarhölgye, Szakmári Nyírő Katalin nyughelyét jelölte. A sírkövet 1634-ben faragták homokkőből. Az egyetlen, épebb magyar nyelvű sírkő az orgona alatt látható. 1623-ban készült a várnagy, Ibrányi Mihály édesanyjának, Rákóczi Sárának (aki Rákóczi Zsigmond erdélyi fejedelem leánya volt) és két unokájának, Györgynek és Bálintnak. A bejárati ajtó két oldalán lévő két neogótikus sírkő a múlt századból való; a vár utolsó gazdáinak, Bretzenheim Ferdinándnak és Schwartzenberg Karolinának a sírköve. (Széchenyi kezdeményezésére ők indították meg a környék iparosítását; ők alapították 1831-ben a hollóházi porcelángyárat.) Az utolsó két vörös márvány emléktábla a Windischgrätz család tagjainak az emléktáblái. Ők 1875-ben kapták meg az uradalmat, és utódaik 1945-ig éltek itt. A két tábla azért csak emléktábla, mert ők már az ausztriai birtokukon temetkeztek.

A bejárat melletti csigalépcső az oratóriumba, a kegyúri karzatra vezet.

A keleti falnál lévő talapzaton található az a szekrényke, melyben Szent Erzsébet ereklyéje van elhelyezve. Az ereklye tartalmaz egy picinyke darabkát a koponyacsontjából és egy tenyérnyi nagyságú selyem-brokát ruha darabját. Az ereklye egy évben egyszer van nyitva: Pünkösd második napján, amikor Szent Erzsébet szentté avatásának évfordulóját ünnepeljük.

A templom előterében áll Szent Erzsébet és férje, Thüringiai Lajos őrgróf lovasszobra, Varga Imre Kossuth-díjas szobrászművész alkotása.

2007. november 18-án a vatikáni pápai nuncius, Juliusz Janus Basilica Minor rangra emelte a vár templomát, a Sárospataki római katolikus templomot.

 A bazilika tornyának lakói:

Kis harang:

Védőszentjük tiszteletére öntötték a Sárospataki Római Katolikus Polgári Fiú És Leányiskola tanárai és növendékei 1938. évben Öntötte: Szlezár Raffael harangöntő mester Budapesten

Szent Don Bosco János védelmezd és pártfogold hű gyermekeidet!

 Középső harang:

Árpád-házi Szent Erzsébet tiszteletére öntötték a Sárospataki Római Katolikus Plébánia hívei 1938. évben. Öntötte: Szlezár Raffael harangöntő mester Budapesten

„Szegények hű gyámola, magyar anyák pártfogója”

 Nagy harang:

1889. június 28-án történt tűzvész után a Sárospataki Római Katolikus Hitközség Szent Lajos és Szent Károly tiszteletére öntette.